Манастир Богородица Стонска је некадашњи манастир Српске православне цркве који је постојао током 13. и почетком 14. вијека у близини Стона на полуострву Пељешцу. У овом манастиру је 1219. године први српски архиеписком Свети Сава основао Хумску епархију за области Хумске Земље и Травуније (данашња Херцеговина, са дубровачким приморјем).

Данашњи изглед римокатоличког храма Госпе од Лужина на мјесту некадашњег православног манастира Богородице Стонске

У другој половини 12. вијека, Хумском Земљом је владао велики кнез Мирослав, брат Стефана Немање. Након смрти кнеза Мирослава, који је столовао управо у Стону, у области Захумља је наступило раздобље превирања, које је окончано за вријеме владавине српског краља Стефана Првовенчаног.

Када је први српски архиеписком Свети Сава након стицања црквене аутокефалности 1219. године приступио организовању нових епархија, једну од њих је смјестио управо при старом храму Богородице Стонске.

У вријеме оснивања, Хумска епархија је обухватала читаву област Хумске Земље са Травунијом.

Иако првобитна повеља Стефана Првовенчаног и светог Саве из 1220. године о оснивању Хумске епархије и њеног епархијског властелинства није сачувана, њен садржај се може сагледати на основу касније потврдне повеље српског краља Стефана Уроша I из 1243—1253. године. Овом повељом, краљ је потврдио све раније дарове свога оца Стефана Првовјенчаног хумском манастиру Богородице Стонске.

Међутим, када се поставило питање о измијештању катедралног мјеста Хумске епархије из Стона у храм Светог Петра на Лиму у Бијелом Пољу, краљ Урош је 1254—1263. године старим посједима придодао и нове, махом у Полимљу. Усљед нередовних прилика и измијештања боравишног мјеста хумских епискиопа, манастир Богородице Стонске је почео да опада.

Након смрти српског краља Стефана Милутина (1321), успио је босански бан Стјепан II Котроманић да завлада Захумљем. Тадашњи хумски епископ Данило је стога боравио у манастиру Св. Петра на Лиму. Негов насљедник, хумски епископ Стефан (1324) се такође није могао вратити у Стон. Стога му је српски краљ Стефан Дечански потврдио посјед над Манастиром Св. Петра на Лиму у Бијелом Пољу.

Међутим, православно свештенство је након свих ових збивања и даље било присутно у Стону, што је потврђено и знаменитим уговором из 1333. године, склопљеним између Дубровчана и српског краља Стефана Душана, у којем је било изричито предвиђено да је након предаје Стона у њему остати и православни свештеник.

Међутим, ова одредба касније није поштована, тако је усљед римокатоличког прозелитизма у стонском приморју дошло до знатног опадања православља.

Према дубровачком катастру из 1393. године, манастир Богородице Стонске је већ увелико био запустио: „Item dighemo che le saline e lo monastero de sca Maria cum tute sua raxon e pretinentia si e del Comun“.

На основу помена солане у овом запису, историчари су закључили да се манастир Богородице Стонске налазио у дијелу Стонског поља познатом као Лужине, по чему је манастирски храм временом и постао познат као Госпа од Лужина. Након преузимања од стране римокатолика, храм је током наредних вијекова претрпио разне преправке.

Систематска археолошка истраживања на том локалитету још увијек нису спроведена.